SCI-writing-VIP

作者：连彬（Bin Lian）· ORCID 0000-0002-1477-9137 · drmilo@gkd.edu.cn 首发：2026-09-21 · 源仓库：https://github.com/speetle/SCI-writing-VIP 许可：个人非商业使用；转载须完整保留本署名；禁止移除署名、禁止重新打包发布（见 LICENSE）。

© 2026 连彬 (Bin Lian). All rights reserved.

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可持续自我迭代型生物医药 SCI 科研助手 —— 用真实 PubMed 文献训练「如何表述问题」，而不是套用通用模板。

A self-iterating SCI writing assistant for biomedical research (no field restriction — bioinformatics is only one of many). It learns how human scientists frame problems and assert claims from real PubMed literature, instead of applying generic templates.

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这是什么

一个 WorkBuddy / Agent Skill。它把「英文论文写作能力」拆成一套可重复执行的日循环与周循环，靠三个机制逼近真人写作水平：

1. 样本 A / 样本 B 对照 —— 样本 A 是 PubMed 真人原文，样本 B 是自己产出的文本。所有诊断都是 A 与 B 的量化对照。
2. 累积型知识库 —— 每周的收获落成可复用条目（句式、衔接范式、结构规则、错题），下次训练前先读。
3. 问题表述优先于指标对齐 —— 机器检测的 hedge 密度等分布指标是次要的；先看人敢不敢下判断（见下节）。

三层取材（v2.4 核心结构）

层	产物	时间窗 / IF	规模	用途	硬约束
① 周课主池	01_文献库/<周次>/papers_master.csv	近 1 年 / 全分层	≥500 篇 / 周	保量归档、热点速览	10 个检索块覆盖全生物医药；IF 分层不得有 UNBINNED
② 顶刊 reserve 池	01_文献库/_顶刊池/papers_toppool.csv	近十年 2016–2026 / IF>20 / 三大顶刊系为主	~470 篇 / 已建成	日课仿写头号素材源；学人类如何表述问题；周课深拆候选	IF 未取到一律 PENDING（刊名硬门槛豁免的除外，此时 if_bin=UNBINNED，不得写 IF 数值）
③ 当日清单	01_文献库/<周次>/D0n/	同 ①	≥74 篇 / 日	当日七阶段的输入	全周并集必须等于池总数，重复 0 篇

两条不可动摇的分工：

• 保量走 ①，学表述走 ②，二者不可互换。 不能把「日课全改成 IF>20」字面执行——实测主池 520 篇里 IF>20 只有 11 篇，远低于每日 74 篇的硬要求（其中仅 3 篇有 PMCID）。
• 时间窗不统一，且不可合并： 周课前沿快报的热点固定近 2 年（时间敏感）；顶刊池取近十年（文体敏感，要看断言强度的年代演变）。

双层节奏与推送约定

节奏	内容	频率	推送
日课	七阶段：取材 → 归档 → 语言范式提取 → 选材 → 仿写初稿 → 句级差异诊断 → 两轮修订 → 沉淀	每日（≥74 篇文献）	静默：只落盘，不推送日报
周课	三件套：领域前沿研究快报（Word）＋ IMRAD 架构扫面（50 篇）+ 全文深拆（≤2 篇）＋ 写作框架模板升版	每周 1 次	《本周热点》（一页四块）

《本周热点》是使用者每周收到的唯一一条消息，四块内容：① 本周热点 ② 本周练了什么 ③ 新进四库 ④ 短板与下周专项。它单独成页，不并入 Word 报告。

训练重心：学人类如何表述问题

AI 写作最常见的毛病不是「不地道」，是太过保守——数据明明支持，却写成 "may potentially be associated with"。人类学者不会这样。因此诊断的第一维度不是连读率，而是：

维度	看什么	落到哪个库
P1 问题命名	首句是否把问题点名，还是绕了一圈铺垫	C_真人写作习惯
P2 断言强度	结论用 drives / confirms / decreased 还是 might / could	C_真人写作习惯
P3 免责形态	免责是一句还是连环套（不构成／不等于／宁可不…）	D_AI腔黑名单
P4 保守度差	自己稿 vs 真人稿的强度差，0–3 分打分取均值	每日沉淀对比表

⚠️ 元规则：指标服务于表述，不反过来约束表述。 若 P4 显示过保守，而某个机检指标（如 hedge 密度）显示「达标」——以 P4 为准，把 hedge 降下来； 不得以「机检已达标」为由回退表述强度。

提取顺序也不可颠倒：问题表述 → 地道句式 → 衔接范式 → 量化基线 → AI 腔黑名单。

领域口径：整个生物医药，不局限生信

取样不设领域门槛——生信／组学只是其中一类；药理与药物化学、临床试验与真实世界、动物模型与在体、免疫机制与炎症、分子机制与信号通路、纳米递送、中药与天然产物等同样纳入。落地在 10 个检索块：

B1 生信核心	B2 组学测序	B3 算法建模	B4 公共数据	B5 纯生信标志物
B6 药理与药物化学	B7 临床研究与真实世界	B8 动物模型与疾病模型	B9 免疫机制与炎症	B10 分子机制与信号通路

• 检索与筛选必须成对改：只加检索块不补 TAGS 标签，新找回的文章会全部卡在相关性门槛被剔除。
• 生信基本盘保底 --min-bioinfo-ratio 0.25：某窗口命中生信核心 13 标签的篇数低于阈值时自动补回（常规窗口实测约 82%，只在异常窗口兜底）。
• 代价：单周候选 6,689 → 10,279（+54%），日课抓取约 4 → 6 分钟。压成本请调 --max-per-block，不要删 B6–B10。

核心特色

• 量化去 AI 味：把「有点 AI 感」变成可测量的指标 —— 连接词密度、强化词/限制语比、句长分布与标准差、短句占比、AI 模板短语命中数。并提供章内基线（引言 24.2 词/短句 16.7%、讨论 23.9/16.5%、方法与结果 21.0/33.4%），按章节对齐而非用单一平均值。
• 结构规则来自统计：IMRAD 规则不是泛泛而谈，而是从全文实测得出（如 Methods 子标题 99% 为名词短语、Results 子标题在 IF>3 期刊约半数写成论断句、91% 的论文把局限写在 Discussion 正文且平均 9.7 句）。
• 红线可执行：禁止编造数据与文献；未实测数值必须写 [TO BE MEASURED]；IF 抓不到一律 PENDING 不估算；官方 JIF 与代理指标严禁混称；交付前强制占位符扫描。
• 真实踩坑记录：内置若干会导致数据静默错位的陷阱及其修复（PubMed ArticleIdList 递归命中参考文献导致 DOI/PMCID 错位；期刊指标站搜索兜底返回静态列表污染整表；刊名白名单里的期刊因 IF 表缺条目而整批静默消失；占比类指标用错判定口径会指向反向决策；长任务崩溃点恰好落在 meta 出口）。

安装

方式一：WorkBuddy 技能市场（推荐）

在 WorkBuddy 中打开【技能管理】或【专家 → 技能市场】搜索 SCI-writing-VIP，一键安装。

方式二：手动安装（任意支持 Agent Skills 的环境）

git clone https://github.com/speetle/SCI-writing-VIP.git
mkdir -p ~/.workbuddy/skills
cp -r SCI-writing-VIP ~/.workbuddy/skills/

安装后目录结构应为：

~/.workbuddy/skills/SCI-writing-VIP/
├── SKILL.md
├── README.md
├── CHANGELOG.md
├── references/
│   ├── daily-sop.md
│   ├── weekly-sop.md
│   ├── imrad-anatomy-protocol.md
│   ├── language-extraction-protocol.md
│   ├── harvest-protocol.md
│   ├── deep-dissection-protocol.md
│   ├── reading-depth.md
│   ├── anti-ai-checklist.md
│   ├── writing-craft-taxonomy.md
│   └── templates/
└── scripts/            # 20 个脚本，除 report_md_to_docx.py 外全部为标准库实现

依赖：Python 3.9+。仅 scripts/report_md_to_docx.py 需要 python-docx：

python3 -m venv ~/.sci-vip-venv
~/.sci-vip-venv/bin/pip install python-docx

使用

安装后直接用自然语言触发：

你说	它做什么
「跑今天的文献训练」	日课七阶段全流程（静默执行，只落盘）
「本周热点是什么」	周课最先产出《本周热点》一页四块
「跑本周前沿快报」	检索层建周池 → 周课 ⑧ 出 Word 报告（热点固定近 2 年）
「拆解这批论文的 IMRAD 架构」	周课 ⑨ 50 篇扫面 + 2 篇全文深拆（优先从顶刊 reserve 池取）
「从顶刊池重新建一次 reserve 池」	harvest_toppool.py --start 2016/01/01 --end 2026/09/30 --per-year 45
「帮我看这篇稿子有没有 AI 味」	复用模式：加载历史积累 + 双样本量化对照 + 三列改写建议
「帮我设计这篇论文的大纲」	按通用写作框架模板逐段生成

建议首次使用：先在一个空目录里跑一次「本周文献训练」，让技能建立自己的周池与语言范式库。后续每周的积累会持续叠加。

配置

技能默认在 ~/Documents/SCI-Writing-VIP/ 建立项目目录。若要改路径，在调用时指定，或在自动化任务的 cwds 中设定工作目录。

本仓库的同步脚本可直接复用到别的 skill：scripts/push_skill_to_github.py 走 GitHub Git Data API， 默认不 prune（远端有、本地无的文件不删），仓库自有文件（README / CHANGELOG / LICENSE / docs / .gitignore）在保护名单内， 推送前打印差异清单，逐文件 sha 比对校验。用法：

export GH_TOKEN=ghp_xxx
python3 scripts/push_skill_to_github.py \
  --skill ~/.workbuddy/skills/SCI-writing-VIP \
  --repo speetle/SCI-writing-VIP \
  --msg "feat: v2.4 — 三层取材 + 问题表述训练 + 领域扩至全生物医药"

免责声明

• 本技能是写作训练与辅助工具，不替代研究者的科学判断与署名责任。
• 训练稿带有「不得投稿」警示块，请勿直接投稿。
• 文献指标（影响因子等）来自第三方聚合站点，非 JCR 官方导出，仅供分层参考；代理指标一律明确标注。
• 刊名硬门槛豁免的条目 IF 为 PENDING，引用这批文献时不得写出 IF 数值。
• 请遵守所在机构与出版方的文献使用与版权规定。

许可

MIT License，见 LICENSE。变更记录见 CHANGELOG.md。